git rm --cached {ファイル名}：ファイルをGitの管理対象から除外する

Gitから
特定のファイルを管理対象から除外するには、

git rm --cached {ファイル名}

とします。
ディレクトリを除外するには、-rオプションを付けて

git rm --cached -r {ディレクトリ名}

とします。
--cachedオプションを付けないとファイルごと削除されるので注意してください。