ソースコードの難読化ツール

.Net
Nandoku
.Net Reflector
Dotfuscator Community Edition：2003年の記事ですが@ITに.NET逆コンパイラと コードを難読化するDotfuscatorの記事があります。

Java
ProGuard

Javascript
このページによくまとまっています。

「成分解析」研究室さんのこのページに非常によくまとまっています。
難読化手法についてはここによくまとまっています。